קיימים בשוק מספר זני אתרוגים:
אתרוג רגיל (אורדן)- המקובל ברוב הציבור
אתרוג קלבריא- מבוקש בקרב חסידי חב"ד
אתרוג חזון איש- מבוקש בחלק מהציבור הליטאי
אתרוג תימני-מבוקש בקרב בני העדה התימנית ובחלק מעדות המזרח
אתרוג מרוקאי- נהוג בחלק מבני העדה המרוקאית

בשנים האחרונות מחירי האתרוגים בסיטונאות נעים בין 12 ל100 ש"ח ולצרכן בין 10 ל1000 ש"ח לפי רמת ההידור.
רמת ההידור נקבעת בעיקר לפי הנקיות מכתמים ופגמים ולפי הצורה.